Public concerné

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens, étudiants

Pré-requis

Cette formation s’adresse aux microbiologistes connaissant l’organisation des génomes procaryotes (promoteur, gène, RBS, plasmide).

Objectifs

  • Annoter un génome de virus ou de bactérie, avec référence ou de novo
  • Comparer plusieurs organismes aux niveaux génomique, protéique et métabolique : synténies, core-génome, données d’expression, etc. 

Pédagogie

  • Remise de support de cours.
  • La formation sera sanctionnée par une attestation de formation.
  • Formation 50% théorique, 50% pratique.

Durée

2 journées – 14 heures

Programme

Jour 1 : Séquençage, Assemblage et Annotation syntaxique

  • Présentation du séquençage NGS (les technologies, le re-séquençage, le séquençage de novo, l’assemblage des reads en contigs et scaffolds)
  • Choix et import des données de référence
  • Annotation de novo ou avec un génome de référence
  • Annotation syntaxique : prédictions des rRNA, tRNA et CDS

Jour 2 : Annotation fonctionnelle et génomique comparative

  • Annotation fonctionnelle : fonctions des produits des gènes, domaine PFAM
  • Annotation métabolique : prédiction des activités enzymatiques et des réactions catalysées, reconstruction des voies métaboliques
  • Identification des gènes homologues et des synténies
  • Pan et core génome, gènes spécifiques et variants
  • Visualisation sur les cartes génomiques
  • Visualisation sur les cartes métaboliques (cartes KEGG)
  • Comparaison de données d’expression (transcriptome, protéome)

Organisation

  • Formation inter-entreprises via notre partenaire Fc3-Bio
  • Formation intra-entreprise personnalisée, au sein de vos locaux