Public concerné

Personnels scientifiques, techniques, chercheurs, ingénieurs, techniciens, étudiants

Pré-requis

Cette formation s’adresse aux microbiologistes connaissant l’organisation des génomes procaryotes (promoteur, gène, RBS, plasmide) et le principe général du séquençage de l’ADN (méthode Sanger).

Objectifs

  • Concevoir et assurer le suivi d’un projet de séquençage NGS
  • Choisir la technologie de séquençage en fonction du projet de recherche, connaitre les analyses possibles sur les jeux de données obtenus
  • Réaliser le plan d’expérience
  • Décrypter les devis des prestataires de séquençage : technologies, paramètres, options.
  • Evaluer la qualité du séquençage et de l’assemblage

Pédagogie

  • Remise de support de cours
  • La formation sera sanctionnée par une attestation de formation
  • Formation 100% théorique

Durée

1 journée – 7 heures

Programme

  1. Les NGS : principes et applications
    • Les différentes technologies de séquençage (Illumina, 454, PacBio, Solid,…) : principes, comparaisons et domaines d’application.
    • Projets de recherche et stratégie de séquençage : séquençage de novo, reséquençage, RNAseq, détection de variants, métagénome, métatranscriptome.
  2. L’assemblage des séquences
    • Notions de reads, contigs, scaffolds
    • Traitement des jeux de données brutes : import, trimming, filtering, multiplexing • Assemblage de novo ou avec référence
    • Estimation de la qualité de l’assemblage
  3. Etudes de cas
    • Comparaison de plusieurs sérotypes d’une même bactérie
    • Construction d’un génome de référence fiable et recircularisé
    • Recherche de gènes spécifiques chez une souche bactérienne inconnue
    • Suivi de stabilité génétique au cours d’un process industriel
    • Analyse RNAseq de l’impact d’un changement de process sur le métabolisme
  4. Principes fondamentaux de gestion et de suivi de projets de séquençage
    • Définition du projet et stratégie de séquençage adaptée
    • Choix d’un prestataire de séquençage et analyse de devis • Grandes étapes du projet et suivi de la réalisation
    • Analyses post-séquençage

Organisation

Deux possibilités existent : 

  • Formation inter-entreprises via notre partenaire Fc3-Bio
  • Formation intra-entreprise personnalisée, au sein de vos locaux